Vì Khang Hi mới lên 8 tuổi, chính sự do 4 đại thần phụ chính lo liệu[7]. Trong số 4 đại thần phụ chính, Ngao Bái là người có nhiều chiến công nhất và được phong thưởng nhiều, nên tỏ ra ngang tàng, coi thường vua nhỏ. Sách Ni tuổi già lắm bệnh nên ngại việc, ít tham gia chính sự; Át Tất Long tính tình mềm mỏng, ngại va chạm, không muốn gây xung đột với người khác; chỉ có Tô Khắc Sa Cáp tính tình thẳng thắn cương trực, thường hay tranh luận với Ngao Bái. Ngao Bái cho con trai làm thị vệ nội đại thần.

Năm 1666, Ngao Bái giết hại Tổng đốc Trực Khang – Sơn Đông là Chu Xương Tô, Tuần phủ Vương Đăng Liên. Trước sự chuyên quyền của Ngao Bái, Tô Khắc Táp Cáp tức giận, hai người trở thành đối đầu nhau. Tô Khắc Táp Cáp ít kinh nghiệm, lại một mình một chủ trương, không chỉ đối đầu với Ngao Bái mà còn mâu thuẫn với Sách Ni, do đó bị cô lập. Ngao Bái tìm cách vu cáo Tô Khắc Táp Cáp để buộc tội, và thúc ép Khang Hi ban lệnh xử tử. Sau khi 3 đại thần qua đời, không còn ai phản đối Ngao Bái, vì vậy Ngao Bái càng chuyên quyền. Những ai muốn tâu việc lên vua đều phải tâu qua Ngao Bái và đút lót mới được cất nhắc, bổ dụng[8]. Ngao Bái muốn tiếp tục duy trì đường lối chỉ dùng người Mãn làm quan, hạn chế người Hán vào triều[9]. Sự chuyên quyền của Ngao Bái khiến Khang Hi không hài lòng.

Năm 1667, Khang Hi lên 14 tuổi. Ông tự mình đứng ra xem xét việc triều chính và muốn trừ bỏ Ngao Bái. Do Ngao Bái đang là phụ chính, bè cánh lại đông, Khang Hi biết chưa thể trừ bỏ ngay, bề ngoài tỏ ra bình thường. Ngao Bái ngạo mạn khinh thường vua nhỏ, thường cáo bệnh ốm không vào triều, khiến ông phải đến tận nhà thăm hỏi. Một lần ông cùng thị vệ Hòa Thác tới thăm, thấy Ngao Bái không hề ốm yếu. Hòa Thác tới giường Ngao Bái xem, phát hiện ra dưới đệm có con dao. Ngao Bái rất lo lắng nhưng Khang Hi lại không tỏ thái độ gì, cho rằng việc mang dao bên người là tập quán bình thường của người Mãn. Do đó Ngao Bái yên tâm không bị Khang Hi nghi ngờ[8].

Lấy lý do thích đánh cờ, ông triệu tập con Sách Ni là Sách Ngạch Đồ vào cung để bàn kế trừ Ngao Bái. Ông phong cho Ngao Bái làm Nhất đẳng công để Ngao Bái lơ là mất cảnh giác, mặt khác ông lấy cớ thích học võ nghệ để tuyển chọn nhiều người trong hàng ngũ con em thân vương làm thị vệ cho Ngao Bái. Sau đó, ông lấy cớ điều bớt những người vây cánh của Ngao Bái đi làm quan ở nơi xa.

Năm 1669, khi Ngao Bái vào cung yết kiến, Khang Hi ra lệnh cho đội thị vệ thân tín bắt giữ. Ông kể tội, cách chức Ngao Bái. Vì nể công lao từng cứu sống Thanh Thái Tông Hoàng Thái Cực, Khang Hi tha chết và giam Ngao Bái vào ngục, và lệnh bắt những người trong cùng vây cánh Ngao Bái.

Không lâu sau khi bị bắt giữ, Ngao Bái lâm bệnh chết trong ngục. Khang Hi chính thức nắm quyền điều hành triều chính, khi đó ông 16 tuổi.